yes, here is my sample commandline code that does this.. (it also dumps out the process xml for the project
| this only does one project at a time, or ALL that have a parent (use * as the current project name)
but you could modify it to take a list, or discover which one need to be modified, or.. many other ways..

uses the client api

parms are server userid password project_name_to_change new_parent_project_name

package com.sd.tools;

import java.io.ByteArrayOutputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.OutputStream;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Map;

import org.eclipse.core.runtime.IProgressMonitor;

import com.ibm.team.repository.client.IContentManager;
import com.ibm.team.repository.client.IItemManager;
import com.ibm.team.repository.client.ITeamRepository;
import com.ibm.team.repository.client.TeamPlatform;
import com.ibm.team.repository.common.IContent;
import com.ibm.team.repository.common.TeamRepositoryException;
import com.ibm.team.process.client.*;
import com.ibm.team.process.common.IProjectArea;
import com.ibm.team.process.common.IProjectAreaHandle;
import com.ibm.team.process.internal.common.impl.ProjectAreaImpl;

@SuppressWarnings("restriction")
public class GetProjectSource
{

    /**
     * key used to store project process configuration source
     */
    static String keyname = "com.ibm.team.internal.process.compiled.xml";

    public static void main(String[] args)
    {
        String url = null; // repository address
        String userid = null; // userid
        String password = null; // password
        String ProjectType = null; // * or name of project

        String newProjectParent = null; // name of new process parent project,
                                        // optional

        if (args.length < 4)
        {
            System.out.println("Parameters are" +
                "URL of repository\n" +
                "Userid of Admin user\n" +
                "Password of Admin user\n"+
                "project scope\n" +
                "    * for all projects (save all project source)\n" +
                "    specific Name of project to locate\n" +
                "\n" +   
                "optional:\n" +
                "    new parent project name"
                );
            return;
        }
        url = args[0];
        userid = args[1];
        password = args[2];
        // under eclipse * parm sends in junk
        ProjectType = args[3].equalsIgnoreCase("foo") ? "*" : args[3];
        newProjectParent = args[4];

        // startup the teamplatform runtime, if not already
        if (!TeamPlatform.isStarted())
            TeamPlatform.startup();
        try
        {
            // create required Monitor
            SysoutProgressMonitor sPm = new SysoutProgressMonitor();

            // login
            if (login(url, userid, password, sPm) != null)
            {
                // get the repository object where we are connecting
                ITeamRepository repo = getRepository(url);

                // get the list of projects
                // * means all
                // specific name means only that one.. case sensitive I think
                List<IProjectArea> projectList = getProjectArea(repo, sPm,
                        ProjectType);

                System.out.println(" there are " + projectList.size()
                        + " projects");

                // loop thru the list of projects, if any
                for (int i = 0; i < projectList.size(); i++)
                {
                    // get the project area
                    IProjectArea ip = projectList.get(i);

                    //IDevelopmentLineHandle[] idl =ip.getDevelopmentLines();
                    // IIterationTypeHandle[] iii = ip.getIterationTypes();

                    System.out.println("\nproject name = " + ip.getName());
                   
                    //IDevelopmentLine ixl =(IDevelopmentLine) idl[0].getFullState();
                    //IIterationHandle iih = ixl.getCurrentIteration();
                    //IIteration iif = (IIteration) iih.getFullState();
                    //IIterationHandle[] iip = ixl.getIterations();
                   
                    // get the process data
                    @SuppressWarnings("unchecked")
                    Map<Object, Object> pd = ip.getProcessData();

                    // get the content Manager
                    IContentManager icm = repo.contentManager();
                    // get the process config content object
                    IContent processSource = (IContent) pd.get(keyname);
                    if (processSource != null)
                    {
                        System.out.println("have xml source");
                        saveXMLSource(ip, processSource, icm, sPm);
                    }                   

                    IProjectArea ipi = (IProjectArea) ip.getWorkingCopy();
                    // call the internal only method to get the parent process
                    // provider.. if any
                    IProjectAreaHandle iparenthandle = ((ProjectAreaImpl) ipi)
                            .getProcessProvider();
                    // if there was a parent
                    if (iparenthandle != null)
                    {
                        // get it
                        IProjectArea parentProject = (IProjectArea) (repo
                                .itemManager().fetchCompleteItem(iparenthandle,
                                IItemManager.DEFAULT, sPm));
                        System.out.println("have parent project name = "
                                + parentProject.getName());
                        // if we are changing the parent
                        if (newProjectParent != null)
                        {
                            // find the new one
                            List<IProjectArea> plist = getProjectArea(repo,
                                    sPm, newProjectParent);
                            // if we found it
                            if (plist.size() > 0)
                            {
                                // get its handle
                                IProjectAreaHandle newParentHandle = (IProjectAreaHandle) plist
                                        .get(0);
                                // always checking
                                if (newParentHandle != null)
                                {
                                    // set the provider field
                                    ((ProjectAreaImpl) ipi)
                                            .setProcessProvider(newParentHandle);
                                    // save the project area
                                    getProcessItemService(repo).save(
                                            (IProjectArea) ipi, sPm);
                                }
                            }
                        }
                    }
                }
            }
            else
            {
                System.out.println("unable to logon to " + url + " as "
                        + userid);
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            System.out.println("exception=" + ex.toString());
        }

    }

    // save the process source for the project
    private static void saveXMLSource(IProjectArea ip, IContent ic,
            IContentManager icm, SysoutProgressMonitor sPm)
    {
        // make an output stream for the content manager
        OutputStream os = new ByteArrayOutputStream();
        // get the content of the content object.
        try
        {
            icm.retrieveContent(ic, os, sPm);

            // write xml content to file
            // project name + data name
            FileOutputStream fo = new FileOutputStream(ip.getName() + "."
                    + keyname);
            // write
            fo.write(os.toString().getBytes(), 0, os.toString().length());
            // close
            fo.close();
        }
        catch (Exception e)
        {
            e.printStackTrace();
        }
    }

    // login to the repository
    public static ITeamRepository login(String url, final String userid,
            final String password, IProgressMonitor monitor)
            throws TeamRepositoryException
    {

        getRepository(url).registerLoginHandler(
                new ITeamRepository.ILoginHandler()
                {
                    public ILoginInfo challenge(ITeamRepository repository)
                    {
                        return new ILoginInfo()
                        {
                            public String getUserId()
                            {
                                return userid;
                            }

                            public String getPassword()
                            {
                                return password;
                            }
                        };
                    }
                });

        monitor.subTask("Contacting " + url);
        getRepository(url).login(monitor);
        monitor.subTask("Connected");

        return getRepository(url);
    }

    // worker function repository
    private static ITeamRepository repo1 = null;

    private static ITeamRepository getRepository(String url)
    {
        if (repo1 == null)
        {
            repo1 = TeamPlatform.getTeamRepositoryService().getTeamRepository(
                    url);
        }
        return repo1;
    }

    // worker function process item service
    private static IProcessItemService processitemservice = null;

    private static IProcessItemService getProcessItemService(
            ITeamRepository repo)
    {
        if (processitemservice == null)
        {
            processitemservice = (IProcessItemService) repo
                    .getClientLibrary(IProcessItemService.class);
        }
        return processitemservice;
    }

    public static List<IProjectArea> getProjectArea(ITeamRepository repo,
            IProgressMonitor monitor, String projectAreaName)
            throws TeamRepositoryException
    {
        List<IProjectArea> projectareaonly = new ArrayList<IProjectArea>();

        @SuppressWarnings("unchecked")
        // get all the projects in this repository
        List<IProjectArea> projectAreas = getProcessItemService(repo)
                .findAllProjectAreas(null, monitor);

        // if Not ALL projects
        if (!projectAreaName.equalsIgnoreCase("*"))
        {
            for (int i = 0; i < projectAreas.size(); i++)
            {
                // get next preoject from array
                IProjectArea projectArea = projectAreas.get(i);

                // if the names are equal, case sensitive
                if (projectArea.getName().equals(projectAreaName))
                {
                    // return this one project to the caller
                    System.out.println("Found " + projectAreaName);
                    projectareaonly.add(projectArea);
                    break;
                }
                else if (i + 1 == projectAreas.size())
                {
                    System.out.println("Failed to find requested project '"
                            + projectAreaName + "'");
                }
            }
            return projectareaonly;
        }
        else
            projectareaonly = projectAreas;
        return projectareaonly;
    }
}